Em 2035, um incidente conhecido como “The Burst” ocorre em um centro de pesquisa japonês, dando origem à “Matéria” em rápida expansão, consumo e auto-replicação. Serpenteando pelos restos de barragens e instalações militares no desfiladeiro de Kurobe, a hostil Matéria é cercada por forças-tarefa que tentam impedi-la de chegar ao oceano e por mercenários que buscam a verdade por trás de sua existência. Aiko Tachibana vive sob constante vigilância médica após ser resgatada da Matéria. Ela passa os dias esperando sua recuperação fazendo aviões de papel. Logo, seu cotidiano na escola é perturbado pela chegada da estudante transferida Yuuya Kanzaki, que passa a apontar uma série de inconsistências em relação ao seu corpo. Por que ela nunca se machuca e por que de repente ela não precisa mais da cadeira de rodas? Ele afirma que há mais em sua existência do que ela foi levada a acreditar, e que somente ela detém a chave para acabar com The Burst. Com muitas facções agora interessadas em Aiko, ela e Yuuya devem reunir aliados e embarcar em uma perigosa peregrinação ao coração do desfiladeiro infestado antes que a rede possa se fechar em torno deles. Para escapar da conspiração que se move contra eles, a dupla deve enfrentar a Matéria – um inimigo que flui como água.
